La flore intestinale, c'est-à-dire l'ensemble des bactéries qui peuplent notre tube digestif, est complexe et essentielle à notre physiologie, à notre nutrition, à notre immunité et même à notre développement. Par exemple, les bactéries synthétisent des vitamines, dégradent certains composés que nous ne pouvons pas digérer et nous protègent d'autres bactéries pathogènes. Mais elles restent pour l'essentiel méconnues, aucune équipe n'ayant jusqu'ici réussi à toutes les identifier. C'est désormais chose faite. Le consortium international MetaHIT (Metagenomics of the human intestinal tract), coordonné par l'INRA de Jouy-en-Josas, a publié le métagénome de la flore intestinale, à savoir l'ensemble des gènes des bactéries présentes dans le tube digestif.

Grâce à une méthode de séquençage de l'ADN à très haut débit, mise en œuvre au Centre BGI Shen Zhen en Chine, les chercheurs ont analysé la totalité de l'ADN présent dans les selles de 124 personnes européennes. Avant que cette nouvelle technique soit disponible, il était difficile de caractériser les bactéries intestinales, car la plupart ne se cultivent pas en laboratoire (elles vivent dans un milieu sans oxygène et non reproductible). En d'autres termes, les scientifiques ont étudié des bactéries qui ne se reproduisent pas en culture.

Les résultats de cette première analyse sont nombreux : 85 pour cent des gènes bactériens ont été étudiés, ce qui représente 3,3 millions de gènes, soit 150 fois plus que le génome humain. On retrouve les gènes séquencés dans les précédentes études et on estime que 536 000 gènes bactériens sont présents chez chaque homme et près de la moitié de ceux-ci, chez une personne sur deux. On a déduit de ce métagénome les fonctions protéiques et les espèces de bactérie présentes, en comparant les données obtenues aux gènes des bactéries connues.  Il y aurait ainsi un millier d'espèces bactériennes différentes, et chaque individu en abrite environ 170. Contrairement à ce que l'on pensait, la flore bactérienne intestinale est assez semblable d'un individu à l'autre.

Qui plus est, ces bactéries auraient 19 000 fonctions différentes, dont 6 000 seraient présentes chez tous les  individus, comme par exemple la synthèse de vitamines ou le rôle dans l'immunité. Ce métagénome intestinal minimal est nécessaire au fonctionnement de nos intestins. Plus de 1 000 fonctions sont aussi requises pour la prolifération des bactéries dans l'intestin (les protéines identifiées étant impliquées dans la multiplication des cellules).

Des différences dans la flore intestinale pouvant expliquer certaines pathologies, c'est dire l'intérêt de mieux connaître ce métagénome. Peut-être cela permettra-t-il de développer des outils de diagnostic, voire des traitements pour les maladies impliquant les micro-organismes intestinaux.

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