* Les séquences de nucléotides du promoteur (facteurs cis-régulateurs) sont reconnues par une classe de protéines spécifiques (facteurs trans-régulateurs) dont la structure permet une liaison avec le DNA (DNA binding proteins).
* Les facteurs trans-régulateurs ont des effets sur la vitesse de la transcription : activateurs (séquences enhancer) ou inhibiteurs (séquences silencer). Leur liaison avec le DNA dépend le plus souvent de circonstances physiologiques qui induisent ou répriment l'expression du gène.
* Il existe des éléments essentiels et présents dans la plupart des gènes :
o élément principal comme la boîte TATA,
o éléments de base comme l'octamère reconnu par le facteur OCT-1 présent dans presque toutes les cellules.
* Il existe des éléments qui répondent à des facteurs dont la présence dépend des signaux qui parviennent à la cellules, principalement les hormones comme l'insuline ou les second messagers comme l'AMP cyclique.
* Il y a encore des éléments spécifiques d'un type cellulaire permettant l'expression différente des gènes dans chaque tissu.
* Ainsi, le promoteur de la lipoprotéine lipase contient la boîte TATA, des éléments du promoteur de base, des éléments de réponse aux hormones et des éléments d'expression tissulaire spécifique. Dans le promoteur des gènes il y a souvent 20 ou 30 sites de fixation pour des facteurs trans-régulateurs dont beaucoup ont un effet inducteur ou répresseur sur l'expression du gène.

http://www.chups.jussieu.fr/polys/biochimie/BMbioch/POLY.Chp.4.4.html