Cette maladie se caractérise par la prolifération des cellules myéloïdes maintenant leur capacité de maturation jusqu'à une phase pré-terminale généralement courte (survie de 3 mois après son déclenchement) où ces cellules perdent cette capacité et restent myéoblastiques, ce qui conduit à une leucémie aiguë très résistante à la chimiothérapie.
D'un point de vue cytogénétique la LMC se caractérise par une altération chromosomique typique : une translocation réciproque entre les chromosomes 9 et 22 formant ce qu'on appelle le chromosome Philadelphie.
On peut observer sur l'image des chromosomes en 24 couleurs qu'un fragment du chromosome 22 est transloqué sur le chromosome 9.
Cette translocation a pour conséquence la fusion de l'oncogène c-abl du chromosome 9 avec ls séquences du chromosome 22 proche de la région de rupture (breakpoint cluster region ou bcr) aboutissant à la formation d'un gène fusionné bcr-abl, s'exprimant, produit une protéine de fusion. Le gène c-abl code habituellement pour une tyrosine kinase non liée aux récepteurs. La protéine de fusion bcr-abl code pour une grande quantité de cette tyrosinekinase ce qui accroît le transport d'ATP sur les protéines de prolifération cellulaire et explique le pouvoir cancérigène.

http://acces.inrp.fr/acces/equipes/dyna/travaux/dynacell%20plone/cancer/html/glivec.htm