* Les protéines qui reconnaissent et se lient au DNA (DNA binding proteins) sont des enzymes, des protéines de structure, des facteurs de transcription et des éléments trans-régulateurs.
* Dans la structure spatiale de ces protéines, on reconnaît des domaines propres à cette liaison spécifique :
* Le domaine hélice-boucle-hélice permet le lien spécifique des hélices α avec les nucléotides dans le grand sillon sur une longueur de 10 paires de bases environ.
* Les doigts de Zinc sont des domaines formés d'un ion Zn++ tétracoordonné avec deux histidines (H) et deux cystéines (C) de la protéine. Chaque doigt de Zinc se lie à cinq nucléotides dans le grand sillon du DNA. Il y a souvent plusieurs doigts de Zinc à la suite dans la même protéine.
* Certaines protéines ont un domaine riche en acides aminés basiques (K,R) qui se lie aux phosphates des nucléotides. Ces protéines se lient à des séquences répétées inverses sur le DNA, lorsqu'elles sont associées en dimères par la liaison hydrophobe de deux domaines riches en leucine (fermeture « Eclair » à leucines). 

http://www.chups.jussieu.fr/polys/biochimie/BMbioch/POLY.Chp.4.6.html