Mais Francis Hueber, un chercheur au Muséum national d'histoire naturelle de Washington, a émis dès 2001 une thèse selon laquelle il s'agirait bien de champignons. Lui-même et son équipe se sont appuyés sur une étude isotopique de Prototaxites de diverses provenances, notamment le Canada, l'Australie et l'Arabie Saoudite. Ils ont pour cela examiné et mis en rapport les ratios des isotopes 12 et 13 du carbone. Ceux-ci sont répartis régulièrement dans les plantes, qui produisent cet élément à partir du CO2 présent dans l'air, et varient peu d'une espèce à l'autre. Par contre, chez les champignons, qui ne réalisent pas la photosynthèse, le carbone provient de la nourriture, comme pour les animaux et présentent des ratios variables.
Selon Francis Hueber, les variations des ratios observés entre les valeurs isotopiques du carbone sont trop différentes pour qu'il puisse s'agir de plantes. Une dernière observation manque encore cependant pour valider définitivement la thèse des chercheurs: la découverte de spores fossiles, dont l'existence est liée à toutes les espèces de champignons et qui en constituent le seul moyen de reproduction.
Sections fossiles de Prototaxites (Crédits : Muséum national d'histoire naturelle de Washington)
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