• 6 – PROCRÉATION : EVOLUTION MORPHOLOGIQUE DE L’INDIVIDU

    TS TP SVT : comparaison de contragestifs à l'aide du logiciel Rastop

    ouvrir le logiciel Rastop qui se trouve dans le dossier laboratoire

    • ouvrir les fichiers

      • “RU486 en complexe avec le récepteur de la progestérone”,

      • “progesterone1”

      • “la progesterone_et_son_recepteur”

    • placer les fenêtres en mosaïque pour voir toutes les molécules et pouvoir les comparer

    • colorer les atomes par “alternance” ou “chaine” donne les différentes molécules en présence

    • afficher en ruban et colorer en fonction de la position dans la chaîne peptidique permet de comparer le récepteur spécifique de l'hormone en présence de RU486 ou de progestérone.

    • Une coupe au travers du récepteur de la progestérone (affichage en surface) en présence de RU486 ou de progestérone permet de montrer le site de fixation des ligands.

    La progestérone est une hormone (fichier “progesterone1”) sécrétée par les corps jaunes au niveau des ovaires. Elle a un rôle dans la spiralisation et la vascularisation de l'endomètre utérin, la relaxation du myomètre au cours de la grossesse, l'inhibition des sécrétions de GnRH/LH/FSH par l'axe hypothalamo-hypophysaire. Dans le fichier intitulé “la progesterone_recepteur” Le modèle est composé de deux fragments presque identiques du récepteur, A de 251 acides aminés (du 682 au 932) et B de 249 (du 683 au 931) correspondant à une zone où est fixée la progestérone. Dans le fichier intitulé “la progesterone_et_son_recepteur” il s'agit de la molécule précedente (1A28) simplifiée. On a conservé une seule molécule du récepteur, chaîne A de 251 acides aminés (du 682 au 932) correspondant à une zone où est fixée la progestérone (C21 H30 O2).

    RU486 (fichier “RU486 Mifépristone”), Antagoniste de la progestérone, est une molécule de synthèse utilisée comme contragestif dans les interruptions volontaires de grossesse précoces.

    Le RU486 est un antagoniste de la progestérone. Il agit en se fixant sur le récepteur de la progestérone à la place de cette hormone, mais en bloquant son action.

    Le modèle présenté ici contient une protéine (voir : le récepteur à la progestérone) et une molécule de RU486 (identifiant du fichier PDB : RU486) fixée en son sein. On peut constater qu'en dépit de sa taille plus importante, la molécule de RU486 n'empêche pas la fermeture du récepteur dans la mesure où la conformation du récepteur est la même en présence de RU486 qu'en présence de progestérone.

    Pour expliquer que la fixation du RU486 gêne le fonctionnement du récepteur,  on peut s'intéresser à l'incertitude sur la position des atomes à l'intérieur de la molécule. Celle-ci est un indicateur de la stabilité ou de l'agitation de certaines zones de la molécule. Le dégradé de couleur allant de bleu (ordonné) à rouge (très désordonné) montre qu'une des hélices du récepteur est très instable en présence de RU486. Cette molécule a donc un effet antagoniste à celui de la progestérone en déstabilisant la structure du récepteur.

    (Remarque : la coloration en fonction de l'agitation des atomes s'obtient par la commande "COLOR TEMPERATURE")

    Si vous avez le temps, on peut aussi trouver dans la librairie de molécules* :

    • Noréthindrone (progestatif utilisé en contraception) en position dans un récepteur de la progestérone.

    • Anabolisant (métribolone) en position dans un récepteur de la progestérone.

    • Tanaproget (agoniste non stéroïdien, en cours d'essais cliniques) en position dans un récepteur de la progestérone.

     

    images sont comparés les récepteurs de la progestérone en présence de RU486 (en rouge) ou de progestérone (en bleu) : http://www.librairiedemolecules.education.fr/molecule.php?idmol=306

    *librairie de molécules : http://www.librairiedemolecules.education.fr/recherche.php?cle=progest%E9rone&theme=mol&rechEntete.x=0&rechEntete.y=0

    **fiche technique logiciel : http://pedagogie.ac-toulouse.fr/svt/serveur/bankact/index.php?d=e&m=4

    schémas RU486 : http://svt.ac-dijon.fr/schemassvt/article.php3?id_article=1510 ; http://svt.ac-dijon.fr/schemassvt/article.php3?id_article=663

    Effet prise RU486 : http://svt.ac-dijon.fr/schemassvt/article.php3?id_article=2730

    grossesse et RU486 : http://svt.ac-dijon.fr/schemassvt/article.php3?id_article=1329

    RU 486 : http://svt.ac-dijon.fr/schemassvt/article.php3?id_article=1510



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